农村电商的兴起，带来了互联网时代农村生产、经营和消费观念的变革，加速了资源在城乡之间的流动，成为加快“三农”及城乡一体化发展的新引擎，但发展中的一些新问题也随之而来。
第一、农民从思想认识上不适应日新月异的电商发展。 有些人认为电商只是单纯地将交易转至网上，没有认识到电子商务平台也是信息发布和品牌推广平台。还有人认为，只有日用品才能在网上销售，农产品特别是鲜活 农产品不适合在网上销售。同时，受到传统交易习惯影响，大部分的农民、专业合作社、种养殖大户仍然习惯于一手交钱一手交货的面对面交易，不愿接受网络销 售，呈现出“上面热、基层冷，城市热、农村冷”的状态。
第二、电商企业不适应日益激烈的市场竞争。 许多农村网店创业者仅靠一台电脑和一条宽带就当起了网商，农村网店呈现小、散、弱的特点。同时，还有大量的农村网店处于“休眠”状态，很多店铺商品长期不 出新，网页宣传画面更新不及时，部分网商年交易额几乎为零。多数网商尚未建立起自己的生产加工、产品研发、影像展示等一条龙信息平台，产品附加值低，盈利 空间小。
第三、配套服务需要完善的方面还很多。除少数电商交易较集中区域的快递物流体系正在逐步完 善外，多数物流企业因网店分散、返程空载严重而导致成本高企等原因，不愿到农村布点，即使布点到农村，也大多只停留在县镇级，广大农村地区还未形成完备的 物流配送体系。同时，鲜活农产品容易变质，物流须快速并采用保鲜技术，比工业品的物流成本和运输要求更高，这在一定程度上限制了农村电商的发展。同时，网 店设计、技术培训、网络通信等配套服务体系也不够完善，有待于进一步规划完善。
第四、传统经营模式不适应逐步规范的市场。近 年来，虽然陆续有一些规模较大的电商开始注册公司，但大部分电商仍处在低水平的模仿阶段，缺少自主品牌。一些地区商品由于商品种类原因产生严重竞争，甚至 出现低价恶意竞争现象，不利于电商健康发展。同时，农生鲜商品品牌化程度普遍偏低，品质管控难度大，急需通过建立品牌来保证品质标准。
第五、运营环境更新换代快。 虽然年轻人在电商发展中起到了举足轻重的作用，但从事农业作业的种养殖人员大部分为中老年人，人们多数对电子商务认识不足，而且大部分农村网商都是通过模 仿开店发展起来的，没有接受过系统的专业培训，缺乏相应的专业技能和网店运营经验。随着农村电商的快速发展，专业技术和管理人才显得尤为重要，在农村地区 尤其是网店运营推广、美工设计和数据分析等方面的专业人才相对缺乏。一些地方政府也在积极引进相关专业人才，但因工作条件和环境所限，往往存在“留不住” 的现象。
